Stawiałbym na jakość "czystego" odmontowania i zamknięcia systemu Windows. Zamknięcie Windows przez "Start"->Zamknij system" (czy jakoś tam podobnie) robi "fast shutdown" i albo uda się odmontować i pozamykać wszystko albo nie  Windowsowi to nie przeszkadza a linuksowi tak. Sposoby są 2 (z pierwszego korzystam w razie potrzeby, drugi podobno też działa, ale wymaga odpalania i zamykania windy): sposób 1.: ntfsfix /dev/sdXY (podaj odpowiednie wartości dla swojego dysku). Party