Aplikacje z pakietów RPM korzystają z tych samych wersji OpenSSL, GTK, ffmpeg i czego tam jeszcze potrzebują, co cała reszta systemu operacyjnego. Oszczędzamy miejsce na dysku i mamy pewność (no prawie, bo czasem ktoś się zagapi), że taki Thunderbird zostanie zaktualizowany za każdym razem, kiedy owe zależności również będą w nowszej wersji. Wszystko pasuje, działa i śmiga. Nie ma za to rozbudowanego systemu uprawnień, to znaczy Thunderbird może sobie korzystać z kamery i mikrofonu ile tylko chce.
Flatpak dostarcza zależności z innych flatpaków, albo sam z siebie. To jest w gestii autora Flatpaka, żeby było bezpiecznie i żeby działało. Czasem autorem jest wydawca oprogramowania, więc tutaj można liczyć na solidność. Czasem losowy ktoś tam z internetu, który może mieć właśnie miesięczne wakacje. Zrobi, tylko czasem trochę później. Flatpak ma za to owe ACL dla aplikacji, więc może narzucić na nią ograniczenia: na korzystanie z GPS, kamery, mikforonu, udziałów sieciowych, niekórych katalogów domowych. W takim Androidzie, czy iPhonie każdy program bez tych ograniczeń zostałby wyśmiany i może nawet niewpuszczony do sklepów. Na pulpicie Linuksa takie ograniczenia dopiero pomału wchodzą.