[Yum Update] Błąd Podczas "Czyszczenia"

[Niemcu.MD]

Cześć wszystkim,

 

po dzisiejszym update'cie pojawił się problem pod koniec procedury - wygląda następująco:

root@krainaozz m$ yum update
Wczytane wtyczki: presto, refresh-packagekit
Ustawianie procesu aktualizacji
Rozwiązywanie zależności
--> Wykonywanie sprawdzania transakcji
---> Pakiet digikam.i686 0:1.5.0-1.fc13.1 zostanie zaktualizowany
---> Pakiet kdeedu-marble.i686 0:4.5.2-2.fc13 zostanie zaktualizowany
---> Pakiet kdegames.i686 6:4.5.2-1.fc13 zostanie zaktualizowany
Traceback (most recent call last):
 File "/usr/bin/yum", line 29, in <module>
   yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 258, in user_main
   errcode = main(args)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 154, in main
   (result, resultmsgs) = base.buildTransaction() 
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/__init__.py", line 919, in buildTransaction
   (rescode, restring) = self.resolveDeps()
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/depsolve.py", line 722, in resolveDeps
   for po, dep in self._checkFileRequires():
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/depsolve.py", line 971, in _checkFileRequires
   self.installedFileProviders = self.rpmdb.fileRequiresData()
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 718, in fileRequiresData
   iFR, iFP = self._read_file_requires()
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 661, in _read_file_requires
   rpmdbv = self.simpleVersion(main_only=True)[0]
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 965, in simpleVersion
   if 'checksum_type' in ydbi and 'checksum_data' in ydbi:
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1672, in __contains__
   x = self.get(attr)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1702, in get
   res = self._read(attr)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1619, in _read
   info = misc.stat_f(fn)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/misc.py", line 907, in stat_f
   return os.stat(filename)
OSError: [Errno 5] Błąd wejścia/wyjścia: '/var/lib/yum/yumdb/d/3b9cbe4e622965f18d0a92e206d394e94c115c8b-dos2unix-4.1.2-1.fc13-i686/checksum_type'

Ktoś miał podobny problem? Jak to rozwiązać?

[multics]

Spróbuj:

yum clean all

a później update.

[@WalDo]

Nie wiem o co chodzi z tym "czyszczeniem", ale jeśli o tym mowa to prawdopodobnie wystarczy zrobić

yum clean all

i jeszcze raz update.

Nie udało mi się niestety wywróżyć jakie masz repozytoria włączone

[Niemcu.MD]

Nie wiem o co chodzi z tym "czyszczeniem",

...[ciach]

Chodzi o usuwanie śmieci po updacie, ale chyba źle spojrzałem.

 

ale jeśli o tym mowa to prawdopodobnie wystarczy zrobić

yum clean all

No niestety, rezultat ponownego yum update jest ten sam.

Repo jak poniżej. Dokopałem się do pierwotnego wyniku aktualizacji, więc załączam:

...[ciach]
Podsumowanie transakcji
=================================================================================================
Install      11 Package(s)
Upgrade      76 Package(s)

Całkowity rozmiar pobierania: 356 M
W porządku? [t/N]: t
Pobieranie pakietów:
Setting up and reading Presto delta metadata
Processing delta metadata
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.spreadsheet-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.spreadsheet.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.text.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/16x16/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.spreadsheet-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.text.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/32x32/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.presentation.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.spreadsheet-template.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.oasis.opendocument.text.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.png: contents have been changed
/usr/share/icons/oxygen/48x48/mimetypes/application-vnd.sun.xml.calc.template.png: contents have been changed
delta does not match installed data
Download delta size: 137 M
(1/71): PyKDE4-4.4.5-1.fc13_4.5.2-2.fc13.i686.drpm                        | 2.0 MB     00:01     

...[ciach]
(71/71): system-config-printer-kde-4.4.5-1.fc13_4.5.2-1.fc13.i686.drpm    |  15 kB     00:00     
Finishing rebuild of rpms, from deltarpms
<delta rebuild>                                                           | 323 MB     06:59     
Presto reduced the update size by 58% (from 323 M to 137 M).
Package(s) data still to download: 33 M
(1/16): cagibi-0.1.1-2.fc13.i686.rpm                                      |  55 kB     00:00     

...[ciach]
(16/16): oxygen-icon-theme-4.5.2-1.fc13.noarch.rpm                        |  22 MB     00:08     
-------------------------------------------------------------------------------------------------
Razem                                                            1.3 MB/s |  33 MB     00:24     
Wykonywanie rpm_check_debug
Wykonywanie testu transakcji
Test transakcji został ukończony powodzeniem
Wykonywanie transakcji
 Aktualizowanie : soprano-2.5.2-1.fc13.i686                                               1/167 
 Aktualizowanie : akonadi-1.4.0-3.fc13.i686                                               2/167 
 Aktualizowanie : pam-1.1.1-6.fc13.i686                                                   3/167 
 Aktualizowanie : attica-0.1.4-1.fc13.i686                                                4/167 
 Instalowanie   : cln-1.3.1-1.fc13.i686                                                   5/167 

...[ciach]
 Aktualizowanie : kdeedu-marble-4.5.2-2.fc13.i686                                        64/167 
Error unpacking rpm package kdeedu-marble-4.5.2-2.fc13.i686
error: unpacking of archive failed on file /usr/share/kde4/apps/marble/data/maps/earth/bluemarble/bluemarble.jpg;4cd989c8: cpio: read
 Aktualizowanie : kdeedu-marble-libs-4.5.2-2.fc13.i686                                   65/167 
 Aktualizowanie : digikam-libs-1.5.0-1.fc13.1.i686                                       66/167 
 Aktualizowanie : digikam-1.5.0-1.fc13.1.i686                                            67/167 
Error unpacking rpm package digikam-1.5.0-1.fc13.1.i686
error: unpacking of archive failed on file /usr/bin/digikam;4cd989c8: cpio: read
 Aktualizowanie : 7:kio_msits-4.5.2-4.fc13.i686                                          68/167 

...[ciach]
 Aktualizowanie : 6:kdegames-4.5.2-1.fc13.i686                                           77/167 
Error unpacking rpm package 6:kdegames-4.5.2-1.fc13.i686
error: unpacking of archive failed on file /usr/share/kde4/apps/kdiamond/themes/egyptian.svgz;4cd989c8: cpio: read
 Aktualizowanie : 7:kdeadmin-4.5.2-1.fc13.i686                                           78/167 

...[ciach]
 Czyszczenie    : soprano-2.4.3-2.fc13.i686                                             163/167 
 Czyszczenie    : attica-0.1.2-2.fc13.i686                                              164/167 
digikam-1.2.0-2.fc13.i686 was supposed to be removed but is not!
6:kdegames-4.4.5-1.fc13.i686 was supposed to be removed but is not!
kdeedu-marble-4.4.5-2.fc13.i686 was supposed to be removed but is not!
Traceback (most recent call last):
 File "/usr/bin/yum", line 29, in <module>
   yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 258, in user_main
   errcode = main(args)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 196, in main
   return_code = base.doTransaction()
 File "/usr/share/yum-cli/cli.py", line 544, in doTransaction
   resultobject = self.runTransaction(cb=cb)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/__init__.py", line 1398, in runTransaction
   self.verifyTransaction(resultobject)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/__init__.py", line 1500, in verifyTransaction
   self.history.end(self.rpmdb.simpleVersion(main_only=True)[0], ret)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 965, in simpleVersion
   if 'checksum_type' in ydbi and 'checksum_data' in ydbi:
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1672, in __contains__
   x = self.get(attr)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1702, in get
   res = self._read(attr)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/rpmsack.py", line 1619, in _read
   info = misc.stat_f(fn)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/misc.py", line 907, in stat_f
   return os.stat(filename)
OSError: [Errno 5] Input/output error: '/var/lib/yum/yumdb/d/3b9cbe4e622965f18d0a92e206d394e94c115c8b-dos2unix-4.1.2-1.fc13-i686/checksum_type'

Przy okazji kilka błędów już wcześniej się pojawiło, choć to chyba nie ona namieszały(?).

[multics]

Zdaje sie ze masz niezly bajzel w systemie. Spróbuj dokonczyc wszystkie poprzednie transakcje:

yum-complete-transaction

 

Pózniej mozesz sprawdzic czy nie masz za duzo paczek "pozostalosci":

package-cleanup --leaves
package-cleanup --orphans

 

[edytka]

Mozesz jeszcze na koniec sprawdzic ten poradnik.

[/edytka]

Edytowane Listopad 9, 2010 przez multics

[Niemcu.MD]

Problem się skomplikował - w wyniku błędu systemu plików i próby jego naprawy, część danych uległo zniszczeniu. Działają Xy, przeglądarka, playery, ale padła Plasma, baza Yuma i wiele innych:

np:

root@krainaozz m$ yum-complete-transaction
rpmdb: Thread/process 27309/3078928064 failed: Thread died in Berkeley DB library
błąd: błąd bazy danych3(-30974) z dbenv->failchk: DB_RUNRECOVERY: Fatal error, run database recovery
błąd: nie można otworzyć indeksu Packages używając bazy danych3 -  (-30974)
błąd: nie można otworzyć bazy danych Packages w /var/lib/rpm
CRITICAL:yum.verbose.cli.yumcompletets:Błąd programu yum: Error: rpmdb open failed

Teraz pytanie - czy da radę naprawić bazę? Nie mam jej kopii:(

[thof]

Nie wierze, ze to tak samo z siebie sie popsulo. Musiales przerwac silowo aktualizacje systemu (byc moze nieswiadomie). http://wiki.fedora.pl/wiki/RPM_-_procedury_ratunkowe

[@WalDo]

Teraz pytanie - czy da radę naprawić bazę? Nie mam jej kopii:(

Spróbuj najpierw uruchomić yuma z wyłączona wtyczka presto - przesuń na chwilę do innego katalogu plik /etc/yum/pluginconf.d/presto.conf. Potem wykonaj jeszcze raz polecenia

yum clean all
yum-complete-transaction

 

Jeśli dalej będą te same objawy, to uszkodzona jest baza RPM. Sprawdź czy się nie da naprawić → http://wiki.fedora.p...dzonej_bazy_RPM - ale to po sprawdzeniu czy wyłączenie presto nie poprawi sytuacji.

[Niemcu.MD]

Faktycznie, chyba przerwałem update i choć było to bezpośrednio po wydaniu polecenie, to i tak za późno. Jednak, przez reset padł mi system plików [ext3] j.w. Po jego naprawie posypały się dane na dysku.

Odbudowa bazy nie pomaga:

root@krainaozz rpm$ yum update
Traceback (most recent call last):
 File "/usr/bin/yum", line 29, in <module>
   yummain.user_main(sys.argv[1:], exit_code=True)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 258, in user_main
   errcode = main(args)
 File "/usr/share/yum-cli/yummain.py", line 88, in main
   base.getOptionsConfig(args)
 File "/usr/share/yum-cli/cli.py", line 226, in getOptionsConfig
   self.conf
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/__init__.py", line 831, in <lambda>
   conf = property(fget=lambda self: self._getConfig(),
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/__init__.py", line 277, in _getConfig
   startupconf = config.readStartupConfig(fn, root)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/config.py", line 859, in readStartupConfig
   startupconf.releasever = _getsysver(startupconf.installroot, startupconf.distroverpkg)
 File "/usr/lib/python2.6/site-packages/yum/config.py", line 1010, in _getsysver
   hdr = idx.next()
StopIteration

Chyba skończy się reinstalką systemu, bo losowo pewne pliki są uszkodzone. Chyba, że macie sposób na naprawę danych po obróbce partycji przez fsck?

[@WalDo]

Chyba, ze macie sposób na naprawe danych po obróbce partycji przez fsck?

To fsck ma naprawiac

Jesli podejrzewasz, ze fsck cos Ci zniszczylo, to byloby to prawda tylko wtedy, jesli bys puscil fsck na zamontowanej partycji a i to musialbys akurat w tym czasie robic np. yum update albo inna operacje mocno zmieniajaca strukture danych na tej partycji.

Jesli zrobiles cos w tym stylu, to uruchom system z jakiegos LiveCD czy LiveUSB i wymus sprawdzenie tych partycji raz jeszcze

fsck -f /dev/sdXY

Partycje maja byc niezamontowane jesli po uruchomieniu LiveCD sa zamontowane, to odmontuj.

 

Potem po normalnym uruchomieniu systemu spróbuj ponownie odtworzyc /var/lib/rpm/Packages. Potem wyczysc baze yuma

yum clean all

i jeszcze raz aktualizacja.

 

[EDIT]

Nie wiem w jaki sposób miales zainstalowany system, ale jesli dojdzie do reinstalacji systemu a miales LVM, to rozwaz czy nie lepiej dokonac samodzielnego podzialu partycji. Jakos mam wrazenie, ze partycje nie obarczone "narzutem" LVM sa trwalsze i na pewno latwiejsze do "reanimacji". A moim zdaniem LVM w warunkach domowych malo komu jest tak naprawde potrzebne.

[Niemcu.MD]

...[ciach]

[EDIT]

Nie wiem w jaki sposób miales zainstalowany system, ale jesli dojdzie do reinstalacji systemu a miales LVM, to rozwaz czy nie lepiej dokonac samodzielnego podzialu partycji. Jakos mam wrazenie, ze partycje nie obarczone "narzutem" LVM sa trwalsze i na pewno latwiejsze do "reanimacji". A moim zdaniem LVM w warunkach domowych malo komu jest tak naprawde potrzebne.

Niestety dojdzie - fsck -f poprawia fs, ale spora czesc plików na systemowej partycji jest zniszczona. Dyski zawsze partycjonuje recznie, ale dzieki za rade. Co do LVM, to zgodze sie, choc nie korzystam, ale wiele takich opinii slyszalem .